有機肥料無害化處理的堆、漚方法也很多，如EM堆腐法、自制發酵催熟堆腐法和工廠化無害化處理等。

        EM堆腐法：EM是一種好氧和厭氧有效微生物群，主要由光合細菌、放線菌、酵母菌和乳酸菌等組成，在農業和環保上有廣泛的用途。它具有除臭、殺蟲、殺菌、凈化環境和促進植物生長等多種功能。用它處理人、畜糞便作堆肥，可以起到無害化作用。其具體方法如下:

        (1)購買EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或紅糖20--40克、M酪100毫升、燒酒(含酒精30%~35%)100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成備用液。

        (2)將人、畜糞便風干至含水量為30%~40%。

        (3)取稻草、玉米稈和青草等，切成長1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均勻，作堆肥時的膨松物。

        (4)將稻草等膨松物與糞便按重量10:100混合攪拌均勻，并在水泥地上鋪成長約6米、寬約1、5米、厚20~30厘米的肥堆。

        (5)在肥堆上薄薄地撒上一層米糠或麥麩等物，然后再灑上EM備用液，每1000千克肥料灑1000~1500毫升。

        (6)按同樣的方法，在上面再鋪第二層。每一堆肥料鋪3-5層后，上面蓋好塑料薄膜發酵。當肥料堆內溫度升到45℃~50℃時翻動一次。一般要翻動3~4次才能完成。完成后，一般肥料中長有許多白色的霉毛，并有一種特別的香味，這時就可以施用。一般夏天要7~15天才能處理好，春天要15~25天，冬天則更長。肥料中水分過多會使堆肥失敗，產生惡臭味。各地要根據具體條件，反復試驗、摸索才行。